Al vrij snel na de bouw van Fort Zeelandia werd dit gebouw als gevangenis gebruikt. Reeds in 1669 werd per plakaat bepaald om mensen als gevolg van drankmisbruik ‘vechtende ende smijtende, sonder eenigh uytstel, sonder onderscheit van personen, te brengen in de gevanckenisse’. Bij elk vergrijp werd de boosdoener naar het fort geleid. Dat ook vrijgemaakte slaven zich streng aan de regels moesten houden en zeker niet zo vrij waren als het Europese deel van de bevolking, blijkt wel uit het volgende plakaat van 17 mei 1769. “Er word weyders de gemannumiteerdens off vrijgemaakte serieuselijk gewaarschouwt en gelast na 9 uuren des avonds niet langs straat te gaen, sullende na die teijd door de burgerpatrouillie gekregen wordende voor de eerste reys verbeuren eene boete van 5 Hollands en bij faute van betaling 8 daage op waater en brood geset worden op de fortres Seelandia […].”

Per vergrijp was precies bij wet (bekendgemaakt via plakaten) bepaald wat de straf van de overtreding was. Omdat de planters zich niet hielden aan de richtlijnen voor het straffen van slaven op de plantages (waar geen overheidstoezicht was), kwamen er excessen voor. De overheid scherpte de regels dus aan, en de Spaanse Bok bijvoorbeeld, mocht alleen nog maar in het fort zelf worden uitgevoerd. Vergelijk de uitdrukking ‘tangi fu spans’boko mi e si ini foto’, dank zij de Spaanse bok heb ik het binnenfort gezien. Met het binnenfort werd het eigenlijke stenen Fort Zeelandia bedoeld en tegenwoordig gebruikt men het woord ‘foto’ nog steeds om de stad, die vanuit en rond het fort ontstond, aan te duiden.

Hoe belangrijk archieven zijn, bleek weer eens uit een toevallige vondst. In het Nationaal Archief te Den Haag bewaart men de oude stukken betreffende Suriname. Ook de verslagen van het Hof van Politie en Criminele Justitie liggen daar opgeslagen. Deze verslagen bevatten elk half jaar een lijst met personen. Een van deze lijsten (NA 1.05.10.02, nr. 136) is wat nader bekeken:

Bij nader onderzoek van deze lijsten zullen we heel wat conclusies over strafmaat, strafduur en de gevangenen zelf in Fort Zeelandia kunnen trekken. Uit onderhavig stuk blijkt dat ook vrouwen werden ingesloten in het fort. John de Bye beschrijft dit ook in zijn roman Ter dood veroordeeld (1999), die gebaseerd is op processtukken uit het Nationaal Archief. Sarah Robles de Medina was gevangen gezet omdat zij samen met haar zoon Engelse soldaten tot desertie had aangezet en later kennis had van het feit dat ze waren vermoord. ‘Langer dan een jaar had ze in voorarrest moeten zitten in een van die vochtige, donkere cellen van Fort Zeelandia.’ De status van de gevangene was bepalend voor de cel waar ze moesten zitten. Dit was overigens ook het geval in de Gevangenpoort op het Binnenhof te Den Haag, waar politieke gevangenen zoals Salomon du Plessis in een comfortabele kamer boven in het gebouw vast zaten in tegenstelling tot de gewone boosdoeners, die met meerdere samen in de vochtige kelders vast werden gehouden.

In Zeelandia, geschiedenis van een fort (1972) beschrijft Jos Fontaine een beroemde gevangene. Kapitein Alexander de Laveaux, die prachtige landkaarten van Suriname heeft gemaakt voor het gouvernement, was van mening dat hij niet naar behoren voor dat werk was beloond. Zonder de autoriteiten te waarschuwen scheepte hij zich in januari 1741 in naar St. Eustatius, waardoor hij zich in feite schuldig maakte aan desertie. Hij werd uitgeleverd en gevangengezet in Fort Zeelandia, boven de ingang van het fort. Hij klaagde dat hij gek werd in zijn gevang en schreef lange brieven aan de gouverneur in vlot Frans. Hierin beschuldigde hij de soldaten ervan allerlei vreemde zaken in het fort uit te halen zoals duivelsbezwering en andere obia. In 1744 werd De Lavaux uit Suriname verbannen, een groot verlies, want wie zijn kaarten bekijkt, begrijpt wel dat de klus om die in 1730 te maken beslist geen eenvoudige moet zijn geweest. Voor hem zelf was het echter een veel zwaardere klus om ingesloten te zijn in de Fortresse Zeelandia!